一、行政許可的內容
國家重點水運建設項目主要建設規模、內容、方案及工程概（預）算等。
二、行政許可的依據
（一）《建設工程質量管理條例》（2000年國務院令第279號）第十一條規定：建設單位應當將施工圖設計文件報縣級以上人民政府建設行政主管部門或者其他有關部門審查。施工圖設計文件未經審查批準的，不得使用。
（二）《建設工程勘察設計管理條例》（2000年國務院令第293號）第二十六條規定：編制初步設計文件，應當滿足編制施工招標文件、主要設備材料訂貨和編制施工圖設計文件的需要；編制施工圖設計文件，應當滿足設備材料采購、非標準設備制作和施工的需要，并注明建設工程合理使用年限。
第二十八條規定：建設工程勘察、設計文件內容需要作重大修改的，建設單位應當報經原審批機關批準后，方可修改。
第三十三條規定：縣級以上人民政府建設行政主管部門或者交通、水利等有關部門應當對施工圖設計文件中涉及公共利益、公眾安全、工程建設強制性標準的內容進行審查。施工圖設計文件未經審查批準的，不得使用。
（三）《國務院辦公廳關于印發交通運輸部主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（國辦發﹝2009﹞18號）
承擔國家重點水路工程設計審批、施工許可、實施監督和竣工驗收工作。
三、行政許可的實施權限
經國務院投資主管部門審批、核準或經交通運輸部審批立項的水運建設項目初步設計文件由交通運輸部審批。
四、行政許可的條件
（一）港口工程
1、建設方案符合經審批機關批準的港口總體規劃；
2、項目建設主要內容、規模及標準等符合經審批機關批準的可行性研究報告或者經核準、備案的項目申請報告或者備案文件；
3、符合國家和行業現行的有關技術標準；
4、符合港口工程初步設計文件編制規定的要求。
（二）航道工程
1、建設方案符合航道規劃要求；
2、建設規模、標準及內容等符合經批準的可行性研究報告或者經核準的項目申請報告；
3、符合國家和行業的有關技術標準；
4、符合有關編制水運工程初步設計文件的要求。
五、行政許可的數量
無數量限制
六、申請人需要提交的全部材料目錄
（一）港口工程：
（1）申請文件一式2份；
（2）初步設計文件一式2份和相應的電子版本1份；
（3）港口建設項目批準或者核準、備案文件（包括工程可行性研究報告）的復印件1份。
（二）航道工程：
（1）行政許可申請書；
（2）初步設計文件一式5份及其電子文件；
（3）經批準的可行性研究報告或經核準的項目申請報告復印件；
（4）審批部門根據項目需要要求提供的其他材料。 水運工程設計文件申請人需要提交的全部材料目錄
七、申請書示范文件
《交通行政許可申請書》
八、申請書受理機構
港口工程由港口所在地港口行政管理部門受理；航道工程由航道所在地省級交通運輸主管部門受理，位于長江干線項目由長江航務管理局或長江口航道管理局受理。
九、申請書受理期限
無期限限制
十、申請書遞交方式
書面
十一、行政許可的程序
（一）申請人向港口所在地港口行政管理部門（或省級交通運輸主管部門、長江航務管理局或長江口航道管理局 ）提出申請，提交材料。
（二）港口工程由港口所在地省級交通運輸主管部門，航道工程由省級交通運輸主管部門、長江航務管理局或長江口航道管理局轉報交通運輸部。
（三）對材料進行符合性審查，資料齊全并符合要求的，決定受理，必要時開展專家論證；對資料不全或不符合要求的，限期補交修改資料，逾期未補全或修改不完善的不予受理，限期內資料補全并符合要求的，決定受理，必要時開展專家論證；
（四）準予許可的，做出許可決定；不予許可的，說明理由并告知申請人復議或訴訟權利。
十二、行政許可申請審批時限
許可機關自收到符合條件的申請材料之日起20個工作日內作出行政許可決定（專家評審等時間不計算在內）。
十三、行政許可的收費依據及標準
本項目不收費
十四、申請人及公眾對審批結果的意見反映方式
信函、電話、其他。
十五、行政許可的監督部門及投訴渠道
審批機關及其上級機關的監察機構與法制機構。
交通部監察機構與法制機構地址：北京市建國門內大街11號 交通部大樓郵編：100736
監察機構電話：010-65292546 電子郵箱：jjzhc@moc.gov.cn
法制機構電話：010-65292615 電子郵箱：tfszhc@moc.gov.cn